1927年7月27日,陈赓随周恩来秘密抵达南昌,第一天在朱德寓所住下,后来搬进了南昌女子职业学校。起义前夕,他和李立三等在市区逮捕了一批反革命分子,当天夜里又负责接管了江西省银行。
起义军撤离南昌时,陈赓被分配在贺龙的第二十军第三师第六团第一营任营长。8月下旬,陈赓率第一营作为第三师先头部队,正在向会昌县城挺进,而国民党钱大钧部已先期赶到,敌我双方在县城外交上了火。陈赓率第一营从正面进攻,一下夺取了3个山头,但两翼策应部队没有及时赶到,形成了陈赓一个营孤军深入,陷入敌人4个团的包围之中。从早上8时鏖战至中午,接应部队还没有赶到,陈赓第一营弹尽粮绝,渐渐支持不住了。当打到下午1时,敌人一梭子机枪子弹扫来,陈赓左腿三处中弹,膝盖骨的筋被打断,胫骨、腓骨也被击伤,倒在地下,血流如注,不能行动。为对付敌人的搜索,他脱掉军衣,顺山坡滚进一条杂草丛生的小沟,血立即把沟里的水染红了。这时,跟随他的卢冬生也跳到沟里来照顾他。很快,从山坡上下来几个敌人,卢冬生藏在了附近草丛里,陈赓则用手把腿上的血涂了一身一脸,以此欺骗敌人。可是心里却想着:自己还年轻,革命刚刚开始,我一定要坚强地活下去。当敌人走近来时,他咬紧牙关,屏住呼吸,假装死去。结果,敌人信以为真,踢了他一脚,见他直挺挺的毫无反应,就扭头走了。
几个小时后,叶挺指挥部队反攻上来,把敌人打退。陈赓听见山上人声鼎沸,以为又是敌人来了,仍然躺在那里不敢动。陈赓身上只穿着背心和裤衩,叶挺部队战士走过来,也把他当敌人打了一枪托子。此时,陈赓偷着眯着眼张望,发现打他的兵脖子上挂着红带子,才知道是自己的部队来了,就高兴地挥动双手叫了起来,卢冬生也从隐蔽处出来说明情况,然后从山上砍了几根竹子,做了个简易担架,和其他几个人把陈赓抬到了被起义军占领的会昌县城,重新包扎了伤口。这时,周恩来等前来看望他。
陈赓获救后,由于伤势较重,被送往了福建长汀,住进了福音医院治疗,后转辗到上海继续治疗。1928年4月,陈赓伤愈后留在上海,任中央特科情报科科长。