根据工作职责，南昌市史志办公室下设4个科。

（一）秘书科

负责内外联系与综合协调工作；负责机关文秘、信访、档案、保密、保卫、监察工作；负责综合性会议的会务工作；负责机关财务与后勤管理工作；负责机关的机构编制、人事劳动和退休人员的管理服务工作；负责定期拟订全市史志工作规划、计划；负责定期收集、摘编全市《大事记》工作；负责《南昌史志》内刊的编辑工作；负责史志业务网络活动的组织、协调工作；协助机关职能处室举办的全市史志和年鉴编辑干部队伍的培训工作；负责地方党史、革命史书刊和《南昌市志》、《南昌年鉴》发行的组织协调工作；负责保管党史资料、地情资料和机关图书资料、报刊等；负责单位因特网网页制作。

（二）党史编研科

负责地方党史资料的征集、整理、编纂工作以及音像制品的管理工作；组织编写地方党史和相关党史书刊；负责地方党史专题研究工作；负责党史研究成果的收集、评审工作；负责党史宣传教育工作，参与组织有关重要革命历史纪念活动；负责对县区、市直单位党史业务工作的指导、培训和督查；负责南昌市中共党史学会的日常工作。

（三）方志编纂科

负责《南昌市志》的编纂、出版工作；负责全市地方志类书籍的编纂组织工作；负责全市专业志、县区志编修工作的协调、业务指导和督促检查；审查县区志的出版；负责征集、整理、研究全市地情资料，提供地情咨询服务；负责全市地情的宣传工作；负责全市方志编纂队伍的培训工作；负责南昌市地方志学会的日常工作；负责组织市内外地方志文化交流。

（四）年鉴编辑科

负责《南昌年鉴》的组稿、编辑、出版工作；督促、指导县区和市直单位的年鉴编辑；开展年鉴理论研究和宣传；审查县区和市直单位的年鉴出版；负责全市年鉴编辑队伍的培训工作；负责南昌市年鉴学会的日常工作。

机关党支部委员会：负责机关的党群工作。