六月二十四日（农历五月十八日）清晨，太平军分乘大小船只上千艘，来到南昌城下，在德胜门、章江门外沿河一带靠岸。这时城外的大火还未熄灭，太平军的士兵们纷纷上岸救火。清军施放大炮企图阻止太平军登陆，太平军也用大炮还击。虽然有几艘太平军的船只被击沉，可是守城的清军也遭到了巨大的伤亡。

当时仅有章江门外文孝庙一带没有烧毁，于是太平军便在那里构筑营垒工事，并从庙内挖掘地道，直通城墙脚下，以便攻城。这里便成了攻城的一个重要据点。太平军又在城东七里街一带和城西潮王洲各洲上建立营寨，各洲之间均有浮桥联通，沿江停泊了几百艘战船，对南昌城形成了一个包围形势。

六月二十六日（农历五月二十日），江忠源指挥湖北军四百多人，由永和门空心炮台出城，企图突破重围。太平军凭据土坡迎头痛击，往返冲杀了四次，最后把清军的指挥官也击毙了。清兵纷纷后退，太平军乘势跟踪追击。城上清军急忙点发大炮，清兵在炮火的掩护下，才狼狈逃回城里。

清军最怕太平军挖地道攻城，招集了大批民工在德胜门内拆毁了大量民房，加筑月城一百二十多丈，派湖北兵驻守。并在可能挖掘地道的地方埋放缸甏，以便探听声音，同时准备大量的沙袋，以便堵塞倒塌的城墙。

当时章江门外文孝庙是太平军靠城的一个重要攻城据点，太平军在文孝庙墙上凿了一排排的炮眼，架设枪炮轰击守城清军，因此守敌几次派人越墙放火烧文孝庙，企图摧毁这个靠城的据点，但都遭到迎头痛击。

    七月六日（农历六月初一日），由于清政府调来九江兵和四川兵五百多人，扎营在永和门外，于是城内清军分两路由顺化门出城，企图里外夹攻城东郊区太平军的营垒。开始太平军为了引诱敌人，绕着营寨主动转移，最后太平军突然发动猛烈反击，敌军纷纷溃败，由于清军后队的接应才逃回城里。

七月九日（农历六月初四日）清晨，下着倾盆大雨，太平军从德胜门外，用地雷轰塌了城墙八丈多长，还有十多丈被炸开裂了。太平军乘势攻上城来，与守城清军发生了激烈的战斗。江忠源亲自率领几百名清军竭力抵抗，并用事先准备的沙袋以及拆下街道上房屋的砖石抢修城墙，堵住缺口，才算顶住了太平军的攻势。

这时守敌的各路援军又纷纷赶到，省内饶州、抚州、铜鼓、赣州等地以及四川、贵州、湖北、湖南、云南、广东的军队，合计有三千多人，其中包括新任九江总兵马济美。增援的清兵分别扎营在永和门、章江门和进贤门外。与此同时，太平军天京方面也派国宗石祥祯、韦俊等率领部队前来南昌增援。于是敌我双方的力量都加强了，攻城的战斗也更加激烈。