法国传教士罗安当和翻译方安之事先闻到风声已逃往九江，转到上海去了。南昌府县当局听说出事，赶紧派人弹压，捉拿群众。但是当时正是黑夜，大家一哄而散，无从抓起。十八日，天主教堂有一艘从九江来的船只也被群众打毁。离南昌五里路的庙巷地方有一所教堂同时也被拆毁。

二十三日进贤县属溪坡山村的天主教徒徐敏山、陈聚源等的房屋和用具也被当地群众捣毁。南昌郊区和邻近各县均发生捣教堂和教民房屋的事件。接着不久，南昌天主教堂附近有人捡到三、四寸长的血膏一块，铜管一根，尸骨一包。于是群众纷纷传说血膏是传教士熬炼小孩精血而成，铜管是用来挖取小孩的眼睛的，小孩的尸骨更是确凿的证据。因而群众的愤怒情绪更加高涨了，斗争规模也更加壮阔。

一八六二年的南昌教案，参加斗争的群众主要有各地来昌应试的学生和一般市民，一部分主持正义的地方士绅也表示支持，就是江西巡抚沈葆桢开始也表示了同情的态度。他认为士绅排斥“异端”是忠义的表现。群众斗争爆发以后，表示“洋人横行中国很久了，没料到竟遭到我百姓的回击。”而感到欣慰。事后，法国传教士以被殴伤相讹诈，以兵船相威胁的时候，也能根据事实，据理力争，主张“饬地方官谕以至理，晓以大义”。

南昌的反洋教斗争和清政府的对外妥协政策是相对立的。清廷三令五申的向官绅们反复解释、申诫，说明天主教虽属“异端”，与内地风俗人心不容，无奈条约已定，况且为了镇压太平天国革命运动还需要借助洋人的力量，要求官绅们体谅朝廷的苦衷。

在清廷的训诫下，封建官僚和豪绅们领会了朝廷的“两害相权取其轻”的旨意，迅速退出了反洋教运动的行列。当法国公使照会提出赔款、建堂、出告示禁止反洋教活动，以及督抚应以“宾礼”接见传教士等要求时，沈葆桢奏称：“当即将照会给官绅们阅看，各官绅深明事理，并无异议。”

尽管封建官僚、豪绅中途退出了斗争，但是广大人民群众却仍然坚持斗争。群众说：官府绅士总是依他，做官的只图一日无事，骗一日俸薪，到了紧急时候，他就走了，几时顾百姓的身家性命。绅士与官差不多，他有家当的也会搬去，受罪的却是百姓，与他何干！我们如今都不要管他，我们还做我们的事。

南昌街头遍贴“扑灭异端邪教公启”，痛斥法国传教士的种种罪恶，号召全省人民，同伸义愤：“倘该国教士胆敢来江蛊惑，我等居民，数十百万，振臂一呼，同声相应。锄头扁担尽作利兵，白叟黄童悉成劲旅，务将该邪教斩除净尽，不留遗孽”。

沈葆桢也说当时群众怨愤之词，有不共戴天之势。他还向清廷报告说：“虽曾晓谕查禁，但不能查出是何人所撰，这种匿名揭帖，愈贴愈多，此处揭去，他处复贴，理谕势禁均无从下手；访问街谈巷议，都说官藉外国威逼小民，人情汹汹。深恐激成变故”。“人言藉藉，众口雷同”。群众斗争情绪的高涨已经是无法阻止。

群众愤怒地指出，对侵略者是不能让步的。“我们让他一步，他总是进一步，以后总不能安生。”因此，必须“与他拚命”。又说封建官绅是靠不住的，必须自己起来，把侵略者驱逐出去。对于中国教徒，一经各族长查出，  “不必禀官，公开处死，以为不敬祖宗，甘心从逆者戒。”并表示：“目下受从教的欺凌也是死，将来他从教的党羽多了，夺了城池也是死，……横竖总是死，他不过炮火厉害，我们都拚着死，看他—炮能打死几个人！只要打不完的，十个人杀他一个人也都够了。”这是多么豪壮的语言啊！

一八六三年三月二十八日（同治二年二月初十日）法国传教士罗安当在清政府派员护送下到达九江，准备仍回南昌。当时南昌群众一得到消息，便纷纷议论。街头也出现大批揭帖：“有四维（罗）不日来省，凡我同人商集所订处所，照前议行事。”相约到时一齐行动起来。群众情绪异常激愤。沈葆祯也在群众舆论的压力下，害怕斗争进一步扩大无法掌握，赶紧电饬九江道就近和法国传教士商谈，愿赔款了案，暂时切勿来南昌，以免激成变故。

但是，法国传教士仍不死心，在安庆得到清廷两江总督的保证和支持后，在清政府的大员陪同下，仍想鼓足勇气返昌。五月二十日（农历四月初三日），由九江启程，二十七日乘船到达南昌，所乘船只刚刚停靠滕王阁下河边，只见江岸竖起一面大旗，旗上大书“禁止法夷入城”数字。随即砖头石块齐飞，向传教士的座船打去。当时南昌府县官吏听说法国传教士已到南昌，赶紧准备行馆，并派人前往码头迎接。谁知差官们走到船边即遭群众唾骂，并被石头打得头破血流。法国传教士看到这种情况，只得解缆回窜，灰溜溜地逃走了。当时，围集在江岸的群众还余怒未消，只恨教民不该引诱这些法国传教士来南昌传教，为害人民。于是又将教民开设的几家店铺一概拆毁了。

法国传教士罗安当回九江后，只得与九江道蔡锦青谈判。在南昌群众斗争的压力下，传教士和清政府都不得不作某些让步。传教士只要求清政府出一张告示，以避免再发生同类事件。如果江西巡抚不便出面，下面司道署名的也可以。清政府也害怕激起民愤，将原拟的告示文稿再三修改，把训诫口吻改为劝告语气。另外清政府答应赔款一万七千两，作为房屋抵价。一八六二年的南昌教案，坚持了一年多的群众斗争，终于赶走了法国传教士，以南昌人民的胜利而结束了。